La farmacia del IDEV tiene no solamente la medicina de los ensayos clínicos pero también las medicinas del Programa Nacional y algunos medicamentos que el IDEV vende para ayudar sus propios pacientes privados. Tiene aire acondicionado las 24 horas al día, 7 días de la semana para mantener las medicinas en óptimas condiciones y las neveras tienen un sistema de termo-metraje constante para asegurar que la medicina quede a la temperatura adecuada.
El equipo de farmacia mantiene rigurosamente y sigue al pie de la letra las reglas de buena práctica clínica durante la supervisión y manejo de todas los medicamento en la farmacia. La medicina esta bajo seguridad estricta con dos candados. Hay un riguroso control de entrega y retorno de medicinas.  Practican el conteo de pastillas devueltas en cada visita para ayudar al medico, calculando el nivel de adherencia de cada paciente. 

Mantienen reportes de control de calidad, humedad, temperatura y control de inventario.  El inventario es estrictamente llevado e incluye reportes de llegadas de envíos, la dispensación  con información de paciente, fecha y quien dispense. 

El equipo de farmacia ayuda a los monitores de los ensayos en la contabilidad e inventario de pastillas devueltas y la preparación para su destrucción.